Современная история Национального исторического архива Беларуси ведется с 1938 года, когда в соответствии с постановлением Президиума Центрального Исполнительного Комитета БССР от 5 июня 1938 г. “О реорганизации архивных органов в связи с образованием областей в БССР” Могилевский исторический архив был реорганизован в Центральный исторический архив БССР. В свою очередь Могилевский исторический архив с 1919 года был известен как архивохранилище Могилевского архивного бюро, а с 1924 по 1927 год - как Окружной архив. До этого документы архива побывали в архивах государственных и судебных учреждений Великого княжества Литовского, Речи Посполитой, Российской империи, в Виленском архиве древних актов и Витебском архиве древних актовых книг.

Перед началом Великой Отечественной войны в архиве насчитывалось 1560 фондов в объеме более 382 тыс. дел. В годы войны большая часть документов и научно-справочный аппарат к ним погибли, часть документов была вывезена в г. Ригу и на территорию Германии, имущество архива была разграблено и уничтожено.

После освобождения Могилева от немецко-фашистских захватчиков 28 июня 1944 г. в архиве осталось всего 44 дела. В ходе работы по реэвакуации документов удалось вернуть лишь 38 054 дела из 700 фондов.

В 1947 году архиву были переданы дореволюционные фонды из государственных архивов Витебской и Гомельской областей. За период 1945-1962 гг. в Центральный исторический архив БССР поступили профильные дела из исторических архивов Ленинграда, Москвы, Вильнюса и других архивов в количестве 382 566 дел.

Согласно постановлению Совета Министров БССР от 11 ноября 1963 г. “О мерах по улучшению архивного дела в БССР” архив был переведен из г. Могилева в г. Минск в здание по ул. Козлова, 26. В том же году в архив были переданы документы дореволюционных фондов Государственного архива Минской области, а также комплекс древних актов из Центрального государственного исторического архива в г. Гродно.

После обретения Беларусью независимости структура архивной отрасли претерпела изменения. В соответствии с постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 22 апреля 1992 г. № 224 “Вопросы архивов Республики Беларусь” на базе Центрального государственного исторического архива БССР и бывшего Центрального партийного архива КПБ организован Национальный архив Республики Беларусь. Из его структуры приказом Белкомархива от 12 июня 1995 г. № 15 был выделен комплекс документов конца XIV - начала XX века и создан Национальный исторический архив Беларуси.

В целях улучшения условий размещения документов Национального архивного фонда Республики Беларусь Национальному историческому архиву Беларуси было передано здание в г. Минске по ул. Кропоткина, 55, в которое архив переехал в течение 1996-2000 гг. Более миллиона дел, 19 коллекций микрофильмов, около 40 тыс. экземпляров книг, газет, журналов научно-справочной библиотеки были перевезены в новое здание.

Сегодня в Национальном историческом архиве Беларуси хранится 1 021 075 дел, объединенных в 3159 фондов, за период с конца XIV по начало XX века. Архив является крупнейшим хранилищем документов по истории Беларуси за этот период. Самый древний документ датирован 1391 годом.

С 2000 года полное наименование архива – государственное учреждение “Национальный исторический архив Беларуси”.

В 2008 году за значительный вклад в развитие архивного дела, сохранение документов по истории Беларуси ХIV - начала ХХ вв., организацию их всестороннего использования в интересах науки, научно-исследовательскую работу по актуальным вопросам истории Беларуси, архивоведения, ареографии, специальных исторических дисциплин Национальный исторический архив Беларуси награжден Почетной грамотой Совета Министров Республики Беларусь (Постановление Совета Министров Республики Беларусь от 2 июля 2008 г. № 986).

В 2013 году за значительный вклад в реализацию социальной политики Республики Беларусь и заслуги в развитии архивного дела и отечественной исторической науки Национальный исторический архив Беларуси награжден Почетной грамотой Национального собрания Республики Беларусь (Решение Совета Палаты представителей от 28 мая 2013 г. № 148-СП5, Постановление Президиума Совета Республики от 3 июня 2013 г. № 124-ПСР5).