Дзейнасць Нацыянальнага гістарычнага архіва Беларусі забяспечваюць асноўныя і дапаможныя структурныя падраздзяленні.

Асноўныя структурныя падраздзяленні:

• аддзел забеспячэння захаванасці дакументаў і фондаў;
• аддзел інфармацыйна-пошукавых сістэм;
• аддзел старажытных актаў;
• аддзел выкарыстання дакументаў і інфармацыі;
• аддзел аўтаматызаваных архіўных тэхналогій;
• аддзел публікацыі дакументаў

Дапаможныя структурныя падраздзяленні:

• група дакументацыйнага забеспячэння;
• група інжынерна-тэхнічнага забеспячэння;
• адміністрацыйна-гаспадарчы аддзел;
• бухгалтэрыя.

У архіве функцыянуе чытальная зала і навукова-даведачная бібліятэка.